ADVENTIA – генетичен тест

КАКВО ПРЕДСТАВЛЯВА ADVENTIA?

Adventia е нов генетичен тест за скрининг на носителство, който определя дали фенотипно здрав човек е носител на генетично заболяване. Генетичната информация, предоставена от Adventia, може да информира, насочва и подпомага хората при вземането на репродуктивни решения и да минимизира риска носители на генетично заболяване да го предадат на своите деца.

Adventia предлага избор от различни панели и изследване за до 229 умерени до тежки автозомно-рецесивни и Х-свързани генетични заболявания.

ЗАЩО ДА СЕ ИЗСЛЕДВАТЕ?

Всеки човек може да носи определени мутации — генетични промени — в организма си. Някои мутации може да нямат ефект върху нашето здраве и развитие, докато други могат да причинят генетично заболяване.

Когато човек има мутация в един от своите гени, но мутацията не е достатъчно силна, за да се прояви, този човек е носител на рецесивно заболяване. Двама носители на едно и също рецесивно заболяване могат да имат засегнато дете, ако детето наследи мутацията и от двамата родители.

Тъй като носителите са безсимптомни, те не знаят за своя носителски статус и за риска да предадат мутацията на децата си. Всъщност много мутации за рецесивни заболявания могат да се унаследяват през няколко поколения без клинична изява.

Освен ако не сте се изследвали, е невъзможно да знаете дали сте носител на рецесивно заболяване.

КОЙ МОЖЕ ДА СЕ ВЪЗПОЛЗВА ОТ ADVENTIA?

Adventia е полезен и подробен тест, подходящ за всеки. Той се основава на нова и мощна технология и може да предостави дпстоверни резултати в кратък срок, за да ви помогне да намалите риска от предаване на генетично заболяване на вашите деца:

• Двойки, които планират да създадат семейство и искат да научат своя носителски статус
• Всеки човек или двойка, преминаващи през асистирана репродукция, включително инвитро оплождане
• Донори на сперматозоиди и яйцеклетки, както и реципиенти на дарени сперматозоиди или яйцеклетки
• Двойки, които вече очакват дете и искат да разберат дали то е изложено на риск от генетично заболяване
• Популационни групи с повишен риск за определени заболявания
• Хора с фамилна анамнеза за генетична мутация
• Всеки човек, който желае да научи повече за своя генетичен профил

ЗА КАКВО ИЗСЛЕДВА ADVENTIA?

• Adventia извършва скрининг за автозомно-рецесивни и Х-свързани заболявания.
• Носителите на рецесивни заболявания имат един здрав ген и един ген с мутация.
• Автозомно-рецесивни заболявания
• Автозомно-рецесивните заболявания засягат хромозомните двойки от 1 до 22.
• Ако и двамата родители са носители, те имат:
• 1 към 4 вероятност да имат незасегнато дете;
• 1 към 2 вероятност да имат дете, което също е носител и е наследило мутацията само от единия родител;
• 1 към 4 вероятност да имат засегнато дете, което е наследило мутации и от двамата родители.
• Х-свързани заболявания
• Х-свързаните заболявания засягат Х-хромозомата, която се намира в 23-тата хромозомна двойка, определяща пола.
• 1 към 2 вероятност да имат дъщеря носител. Жените носителки могат да проявяват или да не проявяват признаци на заболяването поради Х-инактивация*.
• 1 към 2 вероятност да имат засегнат син. Мъжете, които са наследили мутацията, винаги са засегнати, тъй като имат само една Х-хромозома.

ПАНЕЛИ ADVENTIA

Adventia изследва автозомно-рецесивни и Х-свързани заболявания, които имат умерен до тежък фенотип, висока честота на носителство, могат да влошат качеството на живот и могат да бъдат повлияни чрез ранни интервенции.

РАЗШИРЕН ПАНЕЛ

229 заболявания с умерен до тежък, добре дефиниран фенотип и висока кумулативна честота.

Разширеният панел включва всички заболявания от Основния панел и обхваща широк спектър от заболявания, включително метаболитни, сърдечносъдови и хематологични заболявания.

НАСОЧЕНИ ПАНЕЛИ

• Шест отделни панела за чести и тежки генетични заболявания:
• Алфа-таласемия
• Бета-хемоглобинопатии
• Кистозна фиброза
• Мускулна дистрофия тип Дюшен
• Синдром на чупливата Х-хромозома
• Спинална мускулна атрофия

ОСНОВЕН ПАНЕЛ

20 генетични заболявания с висока честота и клинична тежест.

Основният панел включва всички заболявания, изследвани във Фокусираните панели, както и други заболявания, включително фенилкетонурия, анемия на Фанкони група C и болест на Тай-Сакс.

НАСОЧЕНИ ПАНЕЛИ

Шест отделни заболявания, които могат да бъдат заявени като самостоятелни тестове

ОСНОВЕН ПАНЕЛ

Един панел за 22 гена, свързани с генетични заболявания с висока честота и клинична тежест. Основният панел включва всички заболявания, изследвани в Специализираните панели.

РАЗШИРЕН ПАНЕЛ

229 заболявания с умерена до тежка клинична изява

ADVENTIA — ИЗСЛЕДВАНЕ НЕ САМО ЗА ЗАБОЛЯВАНИЯ, ХАРАКТЕРНИ ЗА ОПРЕДЕЛЕНИ ЕТНИЧЕСКИ ГРУПИ

Скринингът за носителство, базиран на етническа принадлежност, изследва само ограничен брой заболявания и може да остави недиагностицирани хората със смесен етнически произход или такива, които не са запознати със своя етнически или генетичен произход.

Последните препоръки на ACMG* подчертават, че макар някои заболявания да са по-разпространени в определени популации, поради генетичното разнообразие и миграцията скринингов панел за носителство, който е независим от етническата принадлежност и популационния произход, насърчава равнопоставеността и приобщаването.

*Американски колеж по медицинска генетика и геномика

ЗАЩО ДА ИЗБЕРЕТЕ СКРИНИНГ ЗА НОСИТЕЛСТВО С ADVENTIA?

Adventia е специално разработен като полезен и цялостен тест за всеки човек, независимо от етническия произход и фамилната анамнеза.

Тестът се основава на нова и мощна технология и може да предостави значими резултати в кратък срок, за да ви помогне да намалите риска от предаване на генетично заболяване на вашите деца.

Заболяванията, изследвани с Adventia:

• имат умерен до тежък фенотип — клинични характеристики;
• имат висока честота на носителство;
• могат сериозно да влошат качеството на живот;
• могат да бъдат повлияни чрез ранни интервенции;

НАДЕЖДЕН ТЕХНОЛОГИЧЕН ДИЗАЙН

ТАРГЕТНА ТЕХНОЛОГИЯ

Скринингът за носителство Adventia се основава на нова технология за таргетно обогатяване чрез улавяне на целеви участъци, която е щателно валидирана по отношение на своята точност и прецизност.

ПЪЛНО ПОКРИТИЕ

Adventia изследва всички кодиращи региони в гените на интерес, като по този начин увеличава вероятността за идентифициране на патогенни или вероятно патогенни мутации: единични нуклеотидни варианти, малки инсерции и делеции, както и варианти в броя копия.

Вижте раздел „Технология“ за повече подробности.

НОВА БИОИНФОРМАТИКА

Иновативни биоинформатични процеси анализират секвенционните данни, получени от всяка проба, като повишават чувствителността и специфичността на скрининга за носителство Adventia.

КОГА ТРЯБВА ДА СЕ ИЗСЛЕДВАМ?

Скринингът за носителство Adventia може да бъде извършен при всеки човек или двойка, които желаят да научат повече за своята генетична информация, за да намалят риска от предаване на генетично заболяване на своите деца. Adventia може да се извърши и по време на бременност, ако бъдещите родители желаят да разберат дали детето им е изложено на риск от генетично заболяване.

КАК МОГА ДА НАПРАВЯ СКРИНИНГ ЗА НОСИТЕЛСТВО С ADVENTIA?

• Попитайте своя медицински специалист за Adventia.
• Вашият медицински специалист ще вземе проба от букална лигавица чрез тампон.
• Пробата ще бъде изпратена в нашата лаборатория.
• Пробата ще бъде анализирана в нашата лаборатория.
• Резултатите ще бъдат изпратени на вашия медицински специалист в рамките на 2–3 седмици.

ВЪЗМОЖНИ РЕЗУЛТАТИ ОТ ТЕСТА

Докладът от Adventia ще съдържа информация за следното:

• резултати за изследваните гени;
• подробна интерпретация и клинично значение на установените мутации.

Adventia докладва патогенни и вероятно патогенни варианти.

ПОЗИТИВЕН – патогенна или вероятно патогенна мутация;

НЕГАТИВЕН – не установява мутации;

КАКВО МОГА ДА НАПРАВЯ СЛЕД СКРИНИНГ ЗА НОСИТЕЛСТВО С ADVENTIA?

В зависимост от резултатите, заболяването и това дали тестът е извършен от отделен човек, който желае да научи повече за своя генетичен профил, или от двойка, която планира семейство, препоръчваме следното:

• Генетична консултация за получаване на повече информация относно потенциалното въздействие на заболяването и обсъждане на възможностите за намаляване на риска от предаване на заболяването на децата.
• Инвитро оплождане (IVF) и предимплантационно генетично тестване за моногенни заболявания (PGT-M), за да се избегне раждането на дете със засегнат фенотип.
• Избор на съвместим донор на гамети, който не носи същата мутация.
• Ранна интервенция, налични терапии и по-добро клинично проследяване и поведение при засегнати деца.
• Пренатална диагностика по време на бременността, ако родителите желаят да разберат дали бебето е засегнато.

СРОК ЗА ПОЛУЧАВАНЕ НА РЕЗУЛТАТИ
10–15 работни дни

ТЕХНОЛОГИЯ
Тази информация се отнася за Основния и Разширения панел. Възможни са изключения.

gDNA се екстрахира чрез стандартизирана методология и се подлага на механична фрагментация преди подготовката на ДНК библиотека. Обогатяването на ДНК за геномните региони от интерес се извършва чрез хибридизационен метод в разтвор, последван от секвениране от ново поколение (NGS). Докладват се единични нуклеотидни варианти, малки инсерции и делеции (≤30 bp), както и варианти в броя копия (CNV). Всички положителни CNV се потвърждават чрез ортогонален метод. Тестът има за цел да открива всички кодиращи екзони на MANE (Matched Annotation from NCBI and EMBL-EBI, референтни транскрипти)  и/или канонични транскрипти, както и 10 bp от съседната интронна последователност.

Изключенията може да включват региони, съдържащи повтори, последователности с висока хомоложност, като сегментни дупликации и псевдогени, както и региони с екстремно GC-съдържание.

Вариантите се класифицират според критериите, определени от Американския колеж по медицинска генетика и геномика. Класификацията и интерпретацията на вариантите се извършват чрез платформата VarSome Clinical и са съобразени с публикуваните научни данни към момента на изследването.

МЕТОДОЛОГИЯ НА ТЕСТА

• СЕКВЕНИРАНЕ
  Секвениране от ново поколение (Illumina).
• ОБОГАТЯВАНЕ
  Собствена технология за таргетно обогатяване чрез улавяне на таргетни региони.
  
  
• АНАЛИЗ НА SNV (single nucleotide variant, еднонуклеотиден вариант) И CNV (варианти в броя копия) ДАННИ
  GATK и Vardict variant callers. Таргетен CNV анализ чрез собствен биоинформационна система, използваща алгоритъм за кръгова бинарна сегментация.
• ОЦЕНКА НА ДАННИТЕ
  VarSome Clinical by Saphetor;
• РЕФЕРЕНТЕН ГЕНОМ
  hg19, NCBI GRCh37
• КРИТЕРИИ ЗА КАЧЕСТВО
  >30 (прецизност 99,9%)
  Минимален процент бази с RD (read depth) >20X = 97%
• ЧУВСТВИТЕЛНОСТ ЗА ОТКРИВАНЕ НА SNV
  Чувствителност: 100% (87–100%)
  Специфичност: 100% (99,8–100%)
• КЛАСИФИКАЦИЯ НА ВАРИАНТИТЕ
  Richards et al. 2015, Genet Med 17:405;
  ClinGen Sequence Variant Interpretation Recommendation for PM2 — Version 1.0;
  Tavtigian SV et al. 2020, Hum Mutat 41(10);
  Fitting a naturally scaled point system to the ACMG/AMP variant classification guidelines;
  Pejaver V et al. 2022, bioRxiv.
• IN SILICO АЛГОРИТМИ
  ALoFT, BayesDel, DEOGEN2, Eigen, Eigen-PC, FATHMM, FATHMM-XF, FATHMM-MKL, fitCons, LIST-S2, LRT, M-CAP, MetaLR, MetaRNN, MetaSVM, MPC, MutationAssessor, MutationTaster, MutPred, MVP, Polyphen-2, PrimateAI, PROVEAN, REVEL, SIFT, SIFT4G, dbscSNV
• БАЗИ ДАННИ
  Повече от 100 набора от данни, включително ClinVar, gnomAD, ExAC, ClinGen, DECIPHER и др.
• СПЕЦИФИКАЦИИ ЗА СПЕЦИАЛИЗИРАНИТЕ ПАНЕЛИ
  Следната информация се отнася за специализираните панели Adventia:
  • Алфа-таласемия: анализът се извършва чрез MLPA.
  • Бета-хемоглобинопатии: анализът се извършва чрез Sanger секвениране.
  • Кистозна фиброза: анализът се извършва чрез секвениране от ново поколение.
  • Мускулна дистрофия тип Дюшен: анализът се извършва чрез MLPA.
  • Синдром на чупливата Х-хромозома: анализът се извършва чрез фрагментен анализ.
  • Спинална мускулна атрофия: анализът се извършва чрез MLPA.
    
• ИЗСЛЕДВАН МАТЕРИАЛ:
  Натривка от букална лигавица (вътрешната страна на бузата), взета с ADVENTIA kit
• СРОК ЗА ПОЛУЧАВАНЕ НА РЕЗУЛТАТИ
  10–15 работни дни
• ТЕХНОЛОГИЯ
  Тази информация се отнася за Основния и Разширения панел. Възможни са изключения.

Геномна ДНК се екстрахира чрез стандартизирана методология и се подлага на механична фрагментация. Обогатяването на ДНК за геномните региони от интерес се извършва чрез хибридизационен метод в разтвор, последван от секвениране от ново поколение (NGS). Докладват се единични нуклеотидни варианти, малки инсерции и делеции (≤30 bp), както и варианти в броя копия (CNV). Всички положителни CNV се потвърждават чрез ортогонален метод. Тестът има за цел да открива всички кодиращи екзони на MANE и/или канонични транскрипти, както и 10 bp от съседната интронна последователност.

Изключенията може да включват региони, съдържащи повтори, последователности с висока хомология, като сегментни дупликации и псевдогени, както и региони с екстремно GC-съдържание.

Вариантите се класифицират според критериите, определени от Американския колеж по медицинска генетика и геномика. Класификацията и интерпретацията на вариантите се извършват чрез платформата VarSome Clinical и са съобразени с публикуваните научни данни към момента на изследването.

НАШИТЕ ТЕСТОВЕ

• ADVENTIA Скрининг за носителство — Специализиран панел за алфа-таласемия
  Гени: HBA

• ADVENTIA Скрининг за носителство — Специализиран панел за бета-хемоглобинопатии
  Гени: HBB

• ADVENTIA Скрининг за носителство — Разширен панел
  Гени: ABCD1, ACAD9, ACADM, ACOX1, ACSF3, ADAMTS2, AGA, AGL, AGPS, AGXT, AIRE, ALDH3A2, ALDOB, ALG6, ALMS1, ALPL, AMT, AQP2, ARSA, ASL, ASNS, ASPA, ASS1, ATM, ATP6V1B1, ATP7B, BBS1, BBS12, BCKDHB, BCS1L, BLM, BSND, BTD, CAPN3, CBS, CEP290, CERKL, CFTR, CHM, CHRNE, CIITA, CLN3, CLN5, CLN6, CLN8, CLRN1, CNGB3, COL4A3, COL4A5, COL7A1, CPT1A, CPT2, CRB1, CTNS, CTSK, CYBB, CYP11B2, CYP19A1, CYP27A1, DCLRE1C, DHCR7, DHDDS, DLD, DMD, DNAH5, DNAI1, DNAI2, DYSF, EDA, EIF2B5, ELP1, EMD, ESCO2, ETFA, ETHE1, EYS, F11, F5, F9, FAH, FAM161A, FANCC, FANCG, FMR1, G6PC, GAA, GALC, GALK1, GALT, GBA, GBE1, GCDH, GFM1, GJB2, GJB6, GLA, GLDC, GNE, GNPTAB, GNPTG, GNS, GRHPR, HADHA, HAX1, HBA1, HBA2, HBB, HEXA, HEXB, HJV, HGSNAT, HLCS, HMGCL, HOGA1, HPS1, HPS3, HSD17B4, HYAL1, HYLS1, IDS, IL2RG, IVD, LAMC2, LCA5, LDLR, LHCGR, LHX3, LIFR, LIPA, LOXHD1, LPL, LRPPRC, MCCC1, MCCC2, MCOLN1, MEFV, MFSD8, MKS1, MLC1, MMAA, MMAB, MMACHC, MMADHC, MPI, MPV17, MTM1, MTRR, MTTP, MMUT, NAGLU, NAGS, NBN, NDUFAF5, NDUFS6, NPC1, NPC2, NPHS1, NPHS2, NR2E3, NTRK1, OAT, OPA3, OTC, PAH, PCDH15, PDHA1, PDHB, PEX1, PEX10, PEX2, PEX6, PEX7, PFKM, PHGDH, PKHD1, PMM2, PPT1, PROP1, PSAP, PTS, PUS1, PYGM, RAB23, RAG2, RAPSN, RARS2, RLBP1, RMRP, RPGR, RS1, SACS, SAMHD1, SEPSECS, SGCA, SGCB, SGCG, SLC12A6, SLC17A5, SLC25A13, SLC25A15, SLC26A2, SLC26A4, SLC35A3, SLC37A4, SLC4A11, SLC6A8, SLC7A7, SMARCAL1, SMN1, SMN2, SMPD1, STAR, SUMF1, TFR2, TGM1, TH, TMEM216, TPP1, TRMU, TSFM, TTPA, TYMP, UGT1A1, USH1C, USH2A, VPS13A, VPS45, VPS53, VRK1, VSX2, WNT10A

• ADVENTIA Скрининг за носителство — Основен панел
  Гени: ACADM, ASPA, BLM, CFTR, DHCR7, DMD, ELP1, FANCC, FMR1, GALT, GBA, GJB2, GJB6, HBA1, HBA2, HBB, HEXA, MCOLN1, PAH, SMN1, SMN2, SMPD1

• ADVENTIA Скрининг за носителство — Специализиран панел за кистозна фиброза
  Гени: CFTR

• ADVENTIA Скрининг за носителство — Специализиран панел за дистрофинопатии
  Гени: DMD

• ADVENTIA Скрининг за носителство — Специализиран панел за синдром на чупливата Х-хромозома
  Гени: FMR1

• ADVENTIA Скрининг за носителство — Специализиран панел за спинална мускулна атрофия
  Гени: SMN1, SMN2

Референции:

https://medicover-genetics.com/our-genetic-tests/reproductive-health/carrier-screening/